《云南农业大学学报》现已开通期刊微信系统平台(自然科学公众号：ynauzkxb；社会科学公众号：ynndxbsk)。该平台是基于玛格泰克稿件采编系统和腾讯微信搭建的学术期刊微信系统。关注公众号后，可以实现移动阅读和下载全文、查询稿件及其状态、接收审稿通知、快速浏览本刊网站主要内容等功能，可为读者、作者和审稿专家提供更加便捷的移动端服务。

根据《中国学术期刊影响因子年报(自然科学与工程技术?2015版)》统计分析，2014年《云南农业大学学报(自然科学)》的复合影响因子为0.806，排在95种综合性农业科学期刊的第25位。根据《中国学术期刊影响因子年报（人文社会科学?2015版）》统计分析，2014年《云南农业大学学报(社会科学)》的复合影响因子为0.397，比2013年提高了5%，在被收录的632种社会科学期刊中排第198位，比2013年前进了35位。