南京大学

国家一级重点学科：中国语言文学、数学、物理学、化学、天文学、地质学、生物学、计算机科学与技术学。

国家二级重点学科：马克思主义哲学、世界史、政治经济学、企业管理、英语语言文学、社会学、情报学、微电子与固体电子学、环境科学、材料物理与化学、气象学、自然地理学、外科学(普外)。

中国药科大学

国家一级重点学科：药学。

国家二级重点学科：无。

东南大学

国家一级重点学科：电子科学与技术、信息与通信工程、建筑学、交通运输工程、生物医学工程。

国家二级重点学科：艺术学，热能工程，控制理论与控制工程，计算机应用技术，结构工程。

南京航空航天大学

国家一级重点学科：力学、航空宇航科学与技术。

国家二级重点学科：机械制造及其自动化。

河海大学

国家一级重点学科：水利工程。

国家二级重点学科：工程力学、岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、港口、岸及近海工程。

南京理工大学

国家一级重点学科：兵器科学与技术、光学工程。

国家二级重点学科：材料学、电磁场与微波技术、模式识别与智能系统、应用化学。

南京农业大学

国家一级重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学。

国家二级重点学科：蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理。

南京信息工程大学

国家一级重点学科：无。

国家二级重点学科：气象学。

江苏大学

国家一级重点学科：无。

国家二级重点学科：动力工程及工程热物理、农业工程。

苏州大学

国家一级重点学科：无。

国家二级重点学科：纺织工程、放射医学、内科学(血液病)、外科学(骨外)。