2019年6月和2021年10月，中共中央办公厅和国务院办公厅相继发布《关于建立以国家公园为主体的自然保护地体系的指导意见》以及《关于进一步加强生物多样性保护的意见》等文件，进一步明确在国家层面推进自然保护地体系建设和生物多样性保护的总体规划和实施路径。到了2021年10月，我国正式设立了三江源、大熊猫、东北虎豹、海南热带雨林和武夷山五个首批国家公园，同时也在积极推动新的国家公园规划和设立工作。此外，我国拥有众多自然保护地，包括自然保护区、风景名胜区、森林公园、海洋公园和湿地公园等各类自然保护地，总数达1.18万个，涵盖全国陆地面积的18%以及领海面积的4.6%。为此，自然保护地建设和生物多样性保护领域的学科体系构建、人才培养以及科研、社会服务体系建设的需求也在不断增加。

为适应新的时代需求，南京林业大学生态与环境学院以生态学国家级重点学科为主要支撑，充分发挥林业类高校在野生动植物保护和自然保护区管理等传统领域的优势，整合研究团队和优质资源，策划并设立了自然保护地系。通过建立这一机构，旨在进一步优化学院在自然保护地建设方面的基础和应用研究力量，加强自然保护地生物多样性保护和管理等方面的理论和技术创新，形成协同效应，满足行业重大需求。同时，该系还将重点关注江苏自然保护地体系建设、湿地生态系统保护与修复、长江大保护等的科技服务需求，开展相关理论和技术创新工作，为区域生态可持续发展提供支持，贡献学科力量。

自然保护地系是建立在生态学本科专业、硕士和博士学位点项目基础上，拥有完整的学历教育体系。未来，该系将设立相关研究方向，引进和培养高层次师资团队，致力于培养拥有生态学、野生动植物保护、资源管理等领域的知识体系并满足自然保护地体系建设和管理领域的高层次专业人才。自然保护地系的设立是生态与环境学院立足林草行业、服务江苏的重要探索和实践，将为我国自然保护地体系的建设、生物多样性保护、促进区域可持续发展等方面做出积极贡献。

赖江山教授担任该系首任主任。