进入南通科技职业学院学习的学生，可以通过“3+2专本连读”、“专转本”、“专接本”、“专升本”、“高起本”等形式提高学历层次。

我校与南通大学、淮阴工学院合作开展“3+2高职与普通本科分段培养”项目，凡填报我院1483招生代码相关专业并被录取的学生在我校学习三年，考核合格者转入本科院校学习两年，毕业后颁发南通大学、淮阴工学院本科文凭及学位（与高考录取至本科院校学生享受哦同等待遇）。

历年来我校每年通过“专转本”途径升入本科院校的学习深造的的学生100余人；我校还与南京航空航天大学、河海大学、南京理工大学、南京农业大学、南京林业大学、南京财经大学、苏州大学等知名高校合作，建立了“专接本”深度合作关系，学生通过“专接本”途径继续深造，成绩合格者由相应本科院校颁发本科毕业证书及本科派遣证，与普通高校本科毕业生享有同等待遇，凡符合条件的可申请学士学位。